Los microbiomas respiratorios son la comunidad microbiana pulmonar que consta de una variedad compleja de microorganismos que se encuentran en el tracto respiratorio inferior, particularmente en la capa mucosa y las superficies epiteliales. Estos microorganismos incluyen bacterias, hongos, virus y bacteriófagos. Se ha estudiado más de cerca la parte bacteriana de la microbiota. Consta de un núcleo de nueve géneros: Prevotella, Sphingomonas, Pseudomonas, Acinetobacter, Fusobacterium, Megasphaera, Veillonella, Staphylococcus y Streptococcus. Son bacterias aerobias, anaerobias y aerotolerantes. Las comunidades microbianas son muy variables en individuos particulares y se componen de alrededor de 140 familias distintas. El árbol bronquial, por ejemplo, contiene una media de 2.000 genomas bacterianos por centímetro cuadrado de superficie. Las bacterias dañinas o potencialmente dañinas también se detectan de forma rutinaria en muestras respiratorias. Los más importantes son Moraxella catarrhalis, Haemophilus influenzae y Streptococcus pneumoniae. Se sabe que causan trastornos respiratorios en condiciones particulares, es decir, si el sistema inmunológico humano está deteriorado. Se desconoce el mecanismo por el cual persisten en las vías respiratorias inferiores en individuos sanos. Los géneros de hongos que se encuentran comúnmente forman el micobioma pulmonar, en la microbiota del pulmón, e incluyen Candida, Malassezia, Neosartorya, Saccharomyces y Aspergillus, entre otros.