La ecología microbiana también se denomina estudio de microbiología ambiental sobre la ecología de los microorganismos relacionados entre sí. Desempeñan un papel principal en la regulación de los sistemas biogeoquímicos en ecología. Además de estos se incluyen la fijación de nitrógeno, el metabolismo del azufre, el metabolismo del metano y la fijación de carbono.
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