Abstracto

Evaluación de métodos de extracción de ADN y solución de preservación de ADN para estudiar las comunidades microbianas del suelo

 Paul Iturbe Espinoza  

 Durante la secuenciación de alto rendimiento, la composición de la comunidad microbiana resultante puede verse alterada cuando el ADN no está completamente purificado o por la actividad de la DNasa. Los objetivos son estimar los sesgos asociados con la purificación del ADN de los suelos y evaluar el efecto de una solución de conservación del ADN en la composición de la comunidad microbiana. Para ello, se compararon las eficiencias de extracción de ADN entre cepas individuales, una mezcla de cepas y comunidades microbianas del suelo. El gen del ARN ribosómico 16S de los suelos se amplificó y secuenció para comparar las diferencias estructurales de las comunidades microbianas resultantes de dos kits comerciales de purificación de ADN. Además, se recogieron muestras de suelo del Delta de Nigeria y se transportaron a los Países Bajos utilizando una solución de conservación del ADN para evaluar la estabilización de la comunidad microbiana del ADN. Los resultados sugieren un sesgo en la cuantificación de los Gram positivos que está relacionado significativamente con la capacidad de lisis celular de los kits de extracción de ADN. Este sesgo podría tener repercusiones importantes en los estudios de ecología microbiana en los que se puede subestimar la abundancia y la función de los Gram positivos.