Abstracto

Aceleración de la investigación del microbioma intestinal con una recolección de muestras robusta

Zoe Zreloff, Danielle Lange, Suzanne Vernon, Martha Carlin, Raúl Cano

Antecedentes : La calidad inferior del material biológico compromete los datos, retrasa los descubrimientos y desperdicia fondos de investigación. El microbioma intestinal desempeña un papel fundamental en la salud y la enfermedad humanas, pero se ha prestado poca atención a la optimización de los métodos de recolección y procesamiento de las heces humanas.

Métodos: Recolectamos la totalidad de las heces de dos voluntarios sanos: uno para examinar la heterogeneidad de las muestras de heces y otro para evaluar los parámetros de manipulación de las mismas. Se utilizaron secuenciación y análisis bioinformáticos para examinar la composición del microbioma.

Resultados: El perfil del microbioma varió dependiendo de dónde se obtuvo la submuestra de las heces. La corteza exterior de las heces fue rica en filos específicos y deficiente en otros, mientras que el núcleo interior de las heces reveló perfiles de microbioma opuestos. El procesamiento de la muestra también resultó en perfiles de microbioma variables. La homogeneización y estabilización a 4ºC dio perfiles de diversidad microbiana superiores en comparación con las submuestras frescas o congeladas de la misma muestra de heces. La proliferación bacteriana continuó en la submuestra fresca cuando se procesó a temperatura ambiente. Bacteroidetes proliferó y Firmicutes disminuyó durante los 30 minutos de procesamiento de la muestra fresca. La muestra congelada tuvo una buena diversidad general, pero Proteobacteria disminuyó probablemente debido a la congelación/descongelación.

Conclusión: El perfil del microbioma es específico de la sección de heces que se está muestreando. La recolección, homogeneización y estabilización de las muestras de heces a 4 ºC durante 24 horas proporciona una muestra limpia y de alta calidad en cantidad suficiente que se puede almacenar en alícuotas con perfiles de diversidad microbiana casi idénticos. Este proceso de recolección es esencial para acelerar nuestra comprensión del microbioma intestinal en la salud y la enfermedad.