Abstracto

Análisis integrado de la estructura proteica y del perfil transcriptómico de genes patógenos en la tromboembolia venosa

Yan Che, Jing Ding, Yan Zhang

Antecedentes: Se considera que los factores genéticos determinan el equilibrio de los procesos de coagulación y anticoagulación, pero las variantes genéticas relacionadas con la tromboembolia venosa (TEV) siguen sin estar claras. Este estudio tuvo como objetivo investigar los posibles mecanismos moleculares y las mutaciones patogénicas asociadas con la TEV mediante la determinación de los genes de expresión diferencial (GED) relacionados con la TEV mediante el perfil de todo el transcriptoma y el análisis de la estructura proteica en la TEV.

Métodos: Se accedió a dos conjuntos de datos de expresión génica, GSE48000 y GSE19151, de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO) para obtener datos de expresión génica asociados con la TEV. Identificamos los DEG entre pacientes con TEV y personas sanas utilizando R y realizamos un análisis de enriquecimiento funcional, incluyendo análisis de Gene Ontology (GO) y Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Luego, se realizó la secuenciación del exoma completo (WES) para 25 pacientes con TEV y 17 casos normales, y se identificaron las ubicaciones estructurales de las mutaciones sin sentido patógenas utilizando pyMOL. Finalmente, se utilizó la base de datos DGIdb para seleccionar fármacos candidatos para el tratamiento de la TEV.

Resultados: Se identificaron 232 DEG en la base de datos GEO. La función significativa de estos DEG estuvo principalmente involucrada en el proceso catabólico del ARN y la vía del ribosoma. En particular, los resultados de WES para DEG y el análisis de la estructura de la proteína mostraron que la histamina N-metiltransferasa ( HNMT ) (chr2: 138759649 C>T, rs11558538) puede ser un factor predisponente principal para la TEV. Además, se examinaron amodiaquina, harmalina, aspirina, metoprina, dabigatrán y difenhidramina para el tratamiento de la TEV.

Conclusión: Los resultados mostraron que HNMT (chr2: 138759649 C>T, rs11558538) puede ser un objetivo potencial para el diagnóstico y tratamiento de la TEV.